Negara memiliki semua hak petroleum dan galian, dengan syarikat-syarikat asing menyertai sektor-sektor ini melalui perkongsian pengeluaran serta kontrak kerja. Para kontraktor minyak dan gas diperlukan membiayai semua kos cari gali, pengeluaran, serta pembangunan dalam kawasan kontrak masing-masing; mereka berhak untuk mendapat balik semua kos pengendalian, cari gali, dan pembangunan daripada minyak dan gas yang dikeluarkan.

Sektor minyak

Indonesia ialah satu-satunya ahli Pertubuhan Negara-negara Pengeksport Petroleum (OPEC) Asia di luar Timur Tengah, serta juga satu-satunya ahli OPEC yang merupakan pengimport minyak pada keseluruhannya. Pada tahun kalendar 1998, sektor minyak dan gas (termasuk penapisan) memberikan sumbangan sebanyak kira-kira 9% kepada KDNK, manakala jumlah pengeluaran minyak mentah dan hasil pemeluwapannya pada tahun 1999 ialah 1.5 juta tong (240,000 m³) setiap hari pada puratanya.

Pada awal tahun 2005, jumlah pengeluaran minyak mentah dan hasil pemeluwapannya merosot sehingga 1.07 juta tong sehari. Ini merupakan suatu kemerosotan yang amat besar, berbanding dengan jumlah pengeluaran pada sepanjang dekad 1990-an, akibat khususnya oleh medan minyak yang menua, serta kekurangan pelaburan dalam pelengkapan pengeluaran minyak. Kemerosotan pengeluaran sejak dekad 1990-an diiringi oleh kenaikan penggunaan dalam negeri sebanyak 5.4% setahun, suatu angka yang agak besar, dan kos untuk mengimport minyak pada tahun 2005 dijangka akan berharga AS$1.2 bilion. Oleh itu, walaupun Indonesia adalah sebuah pengeksport minyak mentah, ia telah dijadikan sebuah pengimport minyak, dengan subsidi bahan api diberikan oleh kerajaan untuk mengekalkan harga bahan api yang rendah. Subsidi tersebut mengenakan kos sebanyak AS$7 bilion pada tahun 2004. . Oleh sebab subsidi minyak amat membebankan negara, Presiden Susilo telah memerintah pengurangan subsidi bahan api kerajaan pada beberapa peringkat . Untuk meringankan kesusahan ekonomi rakyat, kerajaan Indonesia juga memberikan suatu subsidi sekali kepada semua warganegara yang berlayak.

Ekonomi Indonesia kini sedang menjalani proses pembinaan semula selepas tsunami yang melanda pada bulan Disember 2004. Kerajaan Indonesia telah menyatakan bahawa pemotongan-pemotongan subsidi adalah bertujuan untuk mengurangkan kurangan belanjawan sehingga 1% Keluaran Dalam Negara Kasar (KDNK) pada tahun ini (2005) daripada 1.6% pada tahun yang lalu.

Sektor galian

Indonesia ialah pasaran timah yang terbesar di dunia. Walaupun pengeluaran galian secara tradisi tertumpu kepada pengeluaran bauksit, perak, dan timah, Indonesia kini sedang mengembangkan pengeluaran tembaga, nikel, emas dan batu arangnya untuk pasaran-pasaran eksport. Pada pertengahan tahun 1993, Jabatan Lombong dan Tenaga membuka semula sektor batu arang kepada pelaburan asing, dengan hakikat bahawa pengeluar batu arang Indonesia yang terbesar kini berusaha sama dengan syarikat BP dan Rio Tinto, kedua-duanya syarikat United Kingdom. Jumlah pengeluaran batu arang mencapai 74 juta tan metrik pada tahun 1999, termasuk eksport sebanyak 55 juta tan, dengan kerajaan Indonesia berharap untuk melebihi 100 juta tan pengeluaran batu arangnya pada tahun 2002. Dua buah syarikat Amerika Syarikat mengendalikan tiga buah lombong tembaga/emas di Indonesia, dengan syarikat-syarikat Kanada dan British masing-masing memiliki pelaburan yang besar dalam lombong nikel dan emas. Pada tahun 1998, nilai pengeluaran emas Indonesia mencapai AS$1 bilion, manakala pengeluaran tembaga mencapai AS$843 juta. Hasil daripada emas, tembaga, dan batu arang merupakan 84% daripada hasil sektor pelombongan galian sebanyak AS$3 bilion pada tahun 1998.